Научные:
Выявление иммуно-патогенетических механизмов инфицирования и прогресссирования вирусных гепатитов у детей различного возраста и длительности болезни; а также особенностей течения заболевания у детей с коморбидностью (гепатит С + ожирение) — изучение социальных аспектов вирусных гепатитов для уменьшения степени стигматизации пациентов- разработка новых персонифицированных подходов к патогенетической и комбинированной противовирусной терапии вирусных гепатитов, в том числе исследования эффективности противовирусной терапии.
Определение роли кишечной микробиоты и метаболом-ассоциированных процессов в патогенезе патологий печени.
Изучение роли инфекционных агентов, традиционно не относимых к гепатотропным, в развитии гепатитов для повышения частоты этиологической расшифровки неверифицированных гепатитов; определение роли вирусных и бактериальных инфекций в развитии неонатальных гепатитов; анализ особенностей повреждения печени при различных инфекционных заболеваниях.
Совершенствование способов ранней диагностики фиброза и стеатоза печени и прогноза течения заболевания с использованием неинвазивных методов исследования и инструментальной диагностики.
Оценка эффективности и безопасности вакцинации против гепатита В и особенностей вакцинального процесса у детей групп риска (в т.ч. с онкологической патологией) и больных хроническим гепатитом С.

Клинические:
Совершенствование оказания медицинской помощи детям с патологиями гепатобилиарной системы: на базе отдела фактически существует Гепатологический центр, являющийся лидером в оказании медицинской помощи детям с заболеваниями печени в Санкт-Петербурге и одним из ведущих в стране. Лечебно-консультативная помощь оказывается не только пациентам с вирусными гепатитами, но и с другими патологиями гепатобилиарной системы, в том числе с аутоиммунными заболеваниями печени, наследственными патологиями, неуточненными гепатитами. Сотрудники отдела являются одними из ключевых специалистов в стране по проблемам орфанных патологий с поражениям печени.
Отдел является базой для клинических исследований препаратов для терапии вирусных гепатитов.

Методические:
Разработка, стандартизация и оптимизация подходов к оказанию медицинской помощи детям с вирусными гепатитами: сотрудники отдела являются разработчиками клинических рекомендаций и стандартов оказания медицинской помощи детям с вирусными гепатитами и другими патологиями печени.