Ученый совет ФГБУ ФНКЦИБ ФМБА России создан  для обеспечения единой политики в решении научно-практических, лечебно-профилактических, организационно-методических, производственных и кадровых вопросов.
Ученый совет является консультативным, совещательным и контролирующим органом при директоре Центра.