ФГБУ ФНКЦИБ ФМБА России – головное и единственное учреждение науки и практического здравоохранения по решению стратегических задач профилактики, диагностики, лечения и медицинской реабилитации преимущественно по профилю «инфекционные болезни» у детского и взрослого населения страны, обеспечивающее круглосуточную специализированную и высокотехнологичную медицинскую помощь пациентам любого возраста. Диагностика и лечение в Центре доступны жителям как Санкт-Петербурга, так и всех субъектов Российской Федерации, вне зависимости от места жительства, за счёт различных источников финансирования: средств федерального (ФФОМС), территориального (ТФОМС), бюджетного (ФБ), целевого финансирования, а также в рамках программ высокотехнологичной медицинской помощи (ВМП).
ФГБУ ФНКЦИБ ФМБА России является научно-клиническим центром, выполняющим следующие виды деятельности:
• проведение фундаментальных и прикладных научных исследований, выполнение научной работы и оказание консультативно-методических, научных, научно-методических, информационно-аналитических и образовательных услуг научным, образовательным и медицинским организациям;
• оказание медицинских услуг в виде специализированной (в том числе и высокотехнологичной) медицинской помощи в условиях стационара (в том числе и дневного) и амбулаторных условиях детям и их родителям при инфекционных заболеваниях;
• осуществление образовательной деятельности по программам подготовки кадров высшей квалификации (подготовка научно-педагогических кадров в аспирантуре, ординатуре) и участие в подготовке специалистов по программам дополнительного профессионального образования.