Проведение научно-исследовательской работы по изучению частоты врожденных инфекционных заболеваний, их этиологического спектра, уточнению патогенеза, характера и выраженности органной патологии, по оптимизации алгоритмов прогноза риска их развития, характера течения, совершенствованию методов ранней, в том числе антенатальной диагностики, лечения и профилактики.

Проведение организационно-методической работы по анализу заболеваемости врожденными инфекционными заболеваниями, разработке современных принципов оказания медицинской помощи, апробации и совершенствованию клинико-лабораторной диагностики, прогноза течения, терапии и профилактики, подготовке и внесению на рассмотрение в вышестоящие органы управления здравоохранения предложений по совершенствованию организации медицинской помощи по профилю.

Организация работы по внедрению научных достижений НИО в практическое здравоохранение.

Проведение образовательной деятельности по совершенствованию диагностики, терапии и профилактике врожденных инфекционных заболеваний.

Расширение сферы научно-исследовательской и инновационной деятельности НИО как основы для привлечения дополнительных ресурсов и развития материально-технической базы, повышения квалификации и практических навыков работников НИО.